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　　笔者认为可以从投入产出的视角分析中国科研经费管理存在的弊端，并提出具体整治方案。科技活动是两维问题，一个是组织维的投入产出结构，一个是时间维的投入产出过程。从组织维度来看，企业和政府来源R&D经费是国家R&D经费支出的主体。虽然“中国政府投入的研究经费以每年超过20%的比例增加”，但是2008年中国政府R&D经费占全社会R&D经费支出的比例仅为23.58%，并没有显著提升，且低于发达国家的平均水平。政府R&D经费支出的效应不仅是支持科研活动，还要考虑对企业科研经费支出的杠杆效应。从时间维度来看，R&D经费分配仅仅是投入产出过程的一个环节，经费如何使用和管理、绩效如何考核、产出滞后因素如何考虑等等都需要考虑。如果仅仅从项目的分配机制角度考虑科研经费的管理问题，那是治标不治本。

　　追踪评价机制包括项目目标设定、申请立项时的决策评价、项目阶段性成果评价、项目结题验收、成果应用效果评价、效果与目标比对等6个环节。目前财政科技投入对于项目立项决策评价比较严格，而其他环节比较薄弱。政府科技计划和应用型科技项目在申请立项之时，要有明确可测的绩效目标，对于没有明确目标的项目不予资助，绩效目标是项目验收的关键点。项目绩效考核目标和项目负责人建立直接的责任联系，没有达到预期目标的项目，负责人将要根据相关规定进行责任赔偿。学术信用机制是要对于参与国家科学基金申报的负责人建立学术信用档案，学术信用档案是个人学术水平、学术道德的社会记录，也是进一步申报基金的重要依据。项目的追踪评价结果和目标责任实施情况都将记入项目负责人的学术信用档案。